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该子系统覆盖省、市级疾控用户使用省。实现以食源性致病菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）图谱和全基因组测序（WGS）序列为核心，以抗生素敏感性测试的耐药数据为支撑，动态掌握我省主要食源性致病菌分子流行病学特征分布、耐药趋势及食源性疾病暴发的实验数据监测，为食源性疾病暴发的识别和调查提供实验支持，可以实现病例和食品来源数据集的融合对接。其主要功能包括系统总览、菌株信息管理、菌株文件导入导出、菌株文件关联、数据备份、数据统计等功能。
该子系统构建全省微生物分析溯源管理网络体系及微生物全基因组数据管理体系，形成统一致病菌菌株库数据中心；应用微生物全基因组分析溯源技术，搭建高效计算引擎，实现高效的高通量全基因组测序数据并行分布计算分析能力。
该子系统建设着眼于构建一个溯源网络，即以升级实验室为核心顶层节点，以各个地市级级实验室为二级节点的分析溯源网络；形成一个数据中心，即在省级层面构建基因信息数据库，同时允许各个地市在全省统一管理体系下建设属地化管理的二级数据库。以安全可控的二级网络为支撑，以统一分级权限管理为保障，形成管理协同体系；以生物学的各种实验数据作为输入数据，对实验数据进行比较、分析、共享，形成数据分析体系；以分布高效的二级数据库架构为支撑，以省级集中汇总数据中心为核心，形成数据存储体系，从而实现网络体系内的标准一致、质量可控、信息安全和业务协同及全部地市组网。