GenesClouds微生物数据分析平台
GenesClouds微生物全基因组数据存储分析平台,实现微生物全基因组数据的有序存储,提升实验室数据管理水平;提供“一键式”的生物信息学分析能力。
“微生物全基因组数据存储分析平台”解决了高通量全基因组数据的安全存储、快速计算、精准比对和可视化展示等难题,形成了全基因组数据快速综合分析及组网溯源预警能力,能够为我国传染病防治、食品安全事故处置和精准溯源预警等提供坚实技术支撑。
适用场景:
疾控中心、海关检疫、市场监管机构、农业系统、高校科研、医疗健康、食品企业、药品企业、第三方检验检测。
平台WGS分析功能
质控(fastqc/quast/Trimmomatic/fastp)
拼接分析(Spades/Velvet/Unicycler/canu)
特征基因分析(Virulence/Resistance/Serotype)
基因组注释(Prokka)
菌种鉴定(Kraken2)
分子分型(cgMLST/wgMLST/wgSNP)
聚类分析(Dendrogram/MInimum Spanning Tree)
目前向用户提供以下菌种的wgMLST/cgMLST分析:
Acinetobacter baumannii
Brucella melitensis
Campylobacter jejuni/coli
Clostridioides difficile
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium
Escherichia coli
Francisella tularensis
Klebsiella pneumoniae/variicola/quasipneumoniae
Legionella pneumophila
Listeria monocytogenes
Mycobacterium tuberculosis/bovis/africanum/canettii
Mycoplasma gallisepticum
Paenibacillus larvae
Pseudomonas aeruginosa
Salmonella enterica
Staphylococcus aureus